Rathke était un professeur de zoologie et l'anatomie à Nigsberg de 1835 à 1860. Il a étudié des organismes marins et le développement embryonnaire d'organes sexuels. Il était le premier à décrire les fentes branchiales et les arcs branchiaux chez les embryons de mammifères et d'oiseaux. Il a aussi décrit en 1839 la structure embryonnaire, maintenant connue comme la poche de Rathke, à partir de laquelle le lobe antérieur de la glande pituitaire se développe