En 1798, Geoffroy est choisi pour participer à la grande expédition scientifique qui accompagne Bonaparte en Égypte. Durant ce voyage, il recueille de nombreuses observations zoologiques (notamment sur les reptiles et les poissons).

     Il a réussi à se procurer de curieux poissons de la Méditerranée et de la mer Rouge. Des poissons souvent identiques, qui incitent à prouver que jadis les deux mers n'en faisaient qu'une.