Il constitue une collection de 12 000 spécimens de poissons locaux, aujourd’hui pour la plupart conservés au Muséum d’histoire naturelle de Leyde. À son retour aux Pays-Bas en 1860, il commence la préparation d’un vaste ouvrage qui paraît deux ans plus tard sous le titre d’Altlas Ichthyologique. Trente-six volumes, illustrés par 1 500 planches, vont ainsi paraître jusqu’en 1878. 

    Bleeker a également fait paraître environ 730 articles sur des sujets variés dont environ 520 en ichtyologie. Il décrit 511 nouveaux genres et 1 925 nouvelles espèces, dont plus de 1 100 espèces de Java.