À la de mande de Johann Friedrich Struensee, Abildgaard fonda en 1773 l’École vétérinaire de Christianshavn, l’une des écoles les plus vieilles d’Europe et dont la première bibliothèque était composée de la propre collection d’Abildgaard. L’école fut déplacée à Frederiksberg en 1858 afin de devenir l’Université royale vétérinaire et Agricole et constitue aujourd’hui la Faculté de sciences naturelles de l’université de Copenhague.

    Abildgaard fonda ensuite la Société d’histoire naturelle en 1789.